Af Kule Manastırı, tarihi ve manevi derinliği ile dikkat çeken bir yapıdır. Bizans dönemine ait olduğu düşünülen bu manastır, hem dini hem de askeri bir işlevselliğe sahip olabileceği iddialarıyla tarih sahnesinde yer almıştır. Zamanla unutulmuş olsa da, yeniden keşfi ve yapılan kazılar sayesinde geçmişine dair önemli ipuçları gün yüzüne çıkmıştır.

Af Kule Manastırı'nın tarihi hakkında bilinenler şunlardır:

• Af Kule Manastırı'nın inşa tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte, MS 6. yüzyılda Bizans dönemine tarihlendirilmektedir.
• Halk arasında, bu manastırın Hagios Elefterios adlı bir keşiş tarafından inşa edildiği rivayet edilir.
• Elefterios'un, iktidar mücadelesinden bunalmış bir din adamı olarak, ruhunu huzura kavuşturmak ve Tanrı'ya daha yakın olabilmek amacıyla kendini inzivaya çektiği ve bu manastırı inşa ettiği anlatılır.
• Manastırın adı olan "Afkule", "affedilenlerin kulesi" anlamına gelir ve bu da yapının dini ve manevi önemini vurgular.
• Bazı kaynaklarda ise, manastırın aslında bir inziva yeri değil, askeri amaçlarla inşa edilmiş bir gözetleme kulesi olabileceği öne sürülmektedir.

Af Kule Manastırı, 11. yüzyılın sonlarında Selçuklu Türklerinin yükselişi nedeniyle bakıma muhtaç hale gelmiş ve 15. yüzyılda tamamen terk edilmiştir. 1970'lerde bir Yunan araştırmacı, maki çalılıkları arasında manastırın harap durumdaki kalıntılarını yeniden keşfetmiş ve ardından aralıklı olarak yapılan kazılar, tarihi geçmişin parçalarının bir araya getirilmesine yardımcı olmuştur.