Bafa Koyu, doğal güzellikleriyle bilinse de su kalitesi açısından bazı endişeleri barındırıyor. Su kaynaklarının sürdürülebilirliği ve ekosistem sağlığı açısından önemli bir gösterge olan su kalitesi, bu bölgede çeşitli kirleticilerin etkisi altında. Bölgedeki suyun durumu, hem yerel canlılar hem de çevresel denge için kritik bir öneme sahip. Bu nedenle, Bafa Koyu'ndaki su kalitesini anlamak, bölgenin geleceği için elzemdir.

Bafa Koyu'ndaki su kalitesi, yüksek miktarda kirliliğe maruz kalmış olup, Sınıf III-IV su kalitesinde sınıflandırılmaktadır. Bazı bulgular:

• Ağır metaller: Nikel, kadmiyum, krom, bakır gibi ağır metallerin konsantrasyonları kabul edilen kirlilik kriterlerini aşmaktadır.
• Su yosunu ve balçık: Yaz aylarında kuraklık nedeniyle kıyılarda su yosunu ve balçık oluşmuş, yağışlarla birlikte bu durum temizlenmiştir.
• Oksijen seviyesi: Zehirli mavi-yeşil alglerin artması sonucu oksijen seviyesi azalmıştır.

Bafa Gölü, Büyük Menderes Nehri'nin taşıdığı kirletici maddelerin biriktiği bir alan haline gelmiştir.