Afyonkarahisar Kalesi, yüzyıllar boyunca farklı medeniyetlere ev sahipliği yapmış önemli bir yapıdır. Bu kale içerisinde yer alan kilise, özellikle Bizans Dönemi'nde dini bir merkez olarak dikkat çekmiştir. Zamanla, Selçuklu Dönemi'nde de önemini koruyarak çeşitli yapısal değişiklikler geçirmiştir. Bu tarihi yapı, şehrin kültürel mirasının önemli bir parçasıdır.

Afyonkarahisar Kalesi'ndeki kilisenin tarihi hakkında şu bilgiler bilinmektedir:

• Bizans Dönemi: Kale, Bizanslılar döneminde iç kısmına bir kilise inşa edilecek kadar önemli bir dini merkez olarak kullanılmıştır.
• Selçuklu Dönemi: Selçuklu Sultanı I. Alaaddin Keykubat, kaleyi onarmış ve içine bir mescit yaptırmıştır.

Kalenin tarihçesi, genel olarak şehrin tarihiyle paraleldir ve birçok medeniyete ev sahipliği yapmıştır.