Anaia Antik Kenti, tarihi boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış ve farklı dönemlerde çeşitli isimlerle anılmış bir yerleşim yeridir. İlk yerleşimlerin MÖ 4000-3000 yıllarına kadar uzandığı tahmin edilmektedir. Geçmişi boyunca, Hellen kolonizasyonu, Bizans dönemi ve Selçuklu ile Osmanlı hakimiyetinde önemli bir stratejik nokta olmuştur. Bu antik kent, zengin tarihi ve kültürel mirası ile günümüzde de araştırmalara konu olmaktadır.

Anaia Antik Kenti'nin tarihi hakkında şu bilgiler verilebilir:

• İlk yerleşimler. Kazılarda bulunan çanak çömlek parçalarına göre, Kadıkalesi'ndeki ilk yerleşimlerin Son Kalkolitik Çağ'a (MÖ 4000-3000) kadar uzandığı düşünülmektedir.
• Hellen kolonizasyonu. MÖ 1050'den itibaren başlayan Hellen kolonizasyonu döneminde Protogeometrik çanak çömlek yoğunluğu dikkat çekmektedir.
• Antik dönem. Anaia, Geç Tunç Çağı'nda "Nanuwasa" olarak anılmış olabilir. Demir Çağı'nda ise Ion kentleri tarafından kontrol edilmiştir.
• Bizans dönemi. 12. yüzyılda Komnenoslar döneminde ilk Orta Çağ surları inşa edilmiştir. Daha sonra Laskarisler döneminde (1204-1261) kale surları ve burçlar yeniden inşa edilmiştir. Bu dönemde kale, Anaia Başpiskoposluğunun merkezi olmuştur.
• Selçuklu ve Osmanlı dönemi. Anaia, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde de önemli bir askeri ve ticari merkez olarak kullanılmıştır.

Anaia Antik Kenti'nin tarihi ile ilgili daha fazla bilgiye, 2001 yılından bu yana Ege Üniversitesi tarafından yürütülen kazı çalışmalarından ulaşılabilir.