Doğal Sit-Nitelikli Doğal Koruma Alanı, doğal ekosistemlerin korunması amacıyla belirlenmiş özel bölgeleri ifade eder. Bu alanlar, insan etkilerinin minimum düzeyde olduğu, doğal süreçlerin sürdürüldüğü ekosistemleri barındırır. Türkiye genelinde çeşitli yerlerde bu tür koruma alanları bulunmaktadır. Bu alanların belirlenmesi, doğal zenginliklerin ve biyolojik çeşitliliğin korunması açısından büyük önem taşır.

Doğal Sit-Nitelikli Doğal Koruma Alanı, doğal yapısı değişmemiş veya az değişmiş, modern yaşam ve önemli ölçüde insan faaliyetleri tarafından etkilenmemiş, doğal süreçlerin hakim olduğu kara, su ve deniz alanlarını kapsar. Bazı örnekler:

• Mersin Silifke-Erdemli ilçesindeki Şeytan Deresi: Bu bölge, hem "Doğal Sit-Nitelikli Doğal Koruma Alanı" hem de "Doğal Sit-Sürdürülebilir Koruma ve Kontrollü Kullanım Alanı" olarak ilan edilmiştir.
• Muğla Ortaca-Dalaman Sığla Ormanları: Bu bölge, "Doğal Sit-Nitelikli Doğal Koruma Alanı" olarak tescil edilmiştir.
• Van Kalesi ve çevresi: Çevre ve Şehircilik Bakanlığı tarafından "Doğal Sit-Nitelikli Doğal Koruma Alanı" olarak tescillenmiştir.

Kapsama giren alanlarda genellikle şu faaliyetlere izin verilmez:

• Madencilik faaliyetleri.
• Taş, toprak, kum alımı.
• Toprak, cüruf, çöp, sanayi atığı gibi malzemelerin dökülmesi.

Ancak, koşulları ve kapsamı Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Komisyonları tarafından belirlenmek şartıyla bazı faaliyetlere izin verilebilir.